Depuis 1988, il dirige l’Ensemble national de musique de Karlsruhe, le chœur de chambre de l’Université de Karlsruhe qu’il a fondé et enseigne la direction chorale.

Depuis 1995, Nikolaus Indlekofer assure également la Direction de l’Orchestre Symphonique de l’École de Musique d’Ettlingen (Allemagne) et y enseigne le violoncelle.

Par sa direction cohérente et déterminée Nikolaus Indlekofer a mené cet orchestre à une maturité musicale remarquable.

La plupart des jeunes qui jouent dans l’Orchestre Symphonique de l’École de Musique d’Ettlingen se compose d’élèves de niveau avancé, mais également d’autres jeunes musiciens de talent venant de l’extérieur et son répertoire  s’étend de la musique baroque à la musique contemporaine.

Son  rayonnement se reflète dans de nombreuses représentations à l’étranger et en France:

Concerts à Bielsko-Biała et Auschwitz (Pologne), à Epernay (France), à Menfi (en Sicile), dans la cours du château d’Ettlingen (Allemagne), à Karlsruhe (Allemagne) devant un public de plus de 20.000 personnes et à l’occasion des festivités du 50^ème anniversaire du jumelage entre Epernay et Ettlingen avec les solistes Robert Benz et Jean-Philippe Collard.

Ou encore lors du 10^ème  anniversaire du concours des jeunes pianistes en 2006, avec Lise de la Salle et Boris Giltburg et l’invité d’honneur Lang Lang, pour ne citer que ceux-là.